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Das Santa Fe Institute (SFI) ist ein privates gemeinnütziges Forschungs- und Lehrinstitut in Santa Fe, New Mexico.
Es wurde 1984 gegründet, um in interdisziplinärer Grundlagenforschung eine Theorie komplexer adaptiver Systeme in Physik, Biologie, Technik und Sozialwissenschaften zu erarbeiten. Die Gründungsmitglieder waren George Cowan (Präsident 1984–1991), David Pines, Stirling Colgate, der Nobelpreisträger Murray Gell-Mann, Nicholas Metropolis, Herbert L. Anderson, Peter Carruthers und Richard Slansky, bis auf Pines und Gell-Mann alle Wissenschaftler des Los Alamos National Laboratory.
Das Institut sieht sein ursprüngliches Ziel als erreicht an, da die Theorie komplexer Systeme inzwischen ein etablierter Forschungsgegenstand ist, dem sich weltweit eine Anzahl wissenschaftlicher Institute widmen. Als gegenwärtige Arbeitsthemen nennt das Institut kognitive Neurowissenschaft, Computersimulation in Physik und Biowissenschaften, ökonomische und soziale Wechselwirkungen wie kollektive Intelligenz, evolutionäre Dynamik, Netzwerkdynamik und Robustheit.
Seit 2015 ist der Komplexitätsforscher David Krakauer Präsident der Einrichtung.